Дочь Федора Федоровича Нагого-Федца Мария появилась на свет в 1553 году. Отец ее был окольничим, брат его, Афанасий Нагой – дипломатом, русским послом в Крыму. Близость к царю, видимо, сыграла не последнюю роль в женитьбе Ивана Грозного на его племяннице.
Судьба этой женщины достаточно трагична — ей предстояло не только пережить быстро охладевшего к последней супруге грозного царя и опалу от нового правителя Московского царства, но и смерть своего сына Дмитрия, а затем, во времена смуты, столкнуться с необходимостью быть свидетелем истинности «Лжедмитрия I» и частично стать причиной его последующей ужастной смерти.

1580, осень — 1584, март 18
Четыре года при царе
Замуж за Ивана Васильевича Мария Нагая вышла в 1580 году. По церковному правилу этот брак не мог быть признан законным. Свадебные торжества проходили в тесном кругу: государев Двор и самые приближенные люди. Посаженным отцом («в отца место») стал царевич Федор, «тысяцким» – сам наследник престола, Иван.
Брак молодой девушки и престарелого жениха не мог быть счастливым и супруги быстро отдалились друг от друга. Спас ситуацию царевич Дмитрий Углицкий, родившийся 19 октября 1582 года. Хилый и болезненный наследник престола в какой-то степени сплотил родителей. Но в 1584-ом Иван Грозный скончался, оставив последнюю жену и маленького сына на волю царевича Федора.
После смерти Ивана Грозного
Регентский совет повелевал выслать Марию с сыном и братьями на постоянное проживание в Углич, доставшийся Дмитрию в княжение. Куда и направились Нагие еще до коронования Федора на царство.
«царицу сопровождала разная свита, её отпустили с платьем, драгоценностями, пропитанием, лошадьми и проч. — всё это на широкую ногу, как подобает государыне». — Джером Горсей.
Дабы обезопасить себя от конкурента, новый царь наложил запрет на поминание во время церковных служб незаконнорожденного царевича Дмитрия.
Смерть Дмитрия Углицкого
Во времена правления Бориса гонения последней жены Ивана IV не прекратились, в большей степени из-за появления Лжедмитрия I.
При Борисе Годунове
В 1598 году Фёдор скончался, что не улучшило положения Нагой. Из монастыря она вызывалась Борисом Годуновым в 1604 году в Москву, по случаю слухов о Лжедмитрии I, но ничего не открыла и отослана обратно.
Он, говорят, велел привезти мать Димитрия в Новодевичий монастырь; оттуда привезли её ночью во дворец тайно и ввели в спальню Бориса. Царь был там с своею женою. «Говори правду, жив ли твой сын или нет?» — грозно спросил Борис. «Я не знаю», — отвечала старица. Тогда царица Марья (жена Бориса) пришла в такую ярость, что схватила зажжённую свечу, крикнула: «Ах ты б…. ! смеешь говорить: не знаю — коли верно знаешь!» — и швырнула ей свечою в глаза. Царь Борис охранил Марфу, а иначе царица выжгла бы ей глаза. Тогда старица Марфа сказала: «Мне говорили, что моего сына тайно увезли из Русской земли без моего ведома, а те, что мне так говорили, уже умерли». Рассерженный Борис приказал отвезти старицу в заключение и держать с большею строгостью и лишениями. — Н. И. Костомаров, «Смутное время Московского государства в начале XVII столетия 1604—1613»

Во времена Лжедмитрия I
Мария Нагая торжественно вернулась в Москву 18 июля 1605 года. Признав своего сына в Лжедмитрии, поселилась в кремлевском Вознесенском монастыре. Ее родственники получили свободу, ранние чины и свое имущество.
Позже из Москвы в Польшу явился швед с тайным поручением, который сказал:
«царица московская, инокиня Марфа Федоровна, мать покойного Димитрия, через свою воспитанницу немку Розновну сообщила мне, для передачи его величеству королю, что на престоле московском царствует теперь вовсе не её сын, а обманщик; она из своих видов хотя и признала его за сына, теперь сообщает, что этот обманщик расстрига хотел было выбросить из углицкой церкви гроб настоящего её сына, как ложного Димитрия; ей, как матери, стало очень жалко; кое-как хитростью она помешала этому, и её сына кости остались нетронутыми».

1580, осень — 1584, март 18
Костомаров предполагает, что этот швед говорил по наущению бояр, которые втайне уже ткали тогда заговор на жизнь своего Димитрия.
Во время убийства Лжедмитрия в 1606 году Мария Нагая, якобы, отказалась от признания его сыном. Костомаров так описывает сцену убийства:
Один ударил его в щеку и сказал: «Говори, б…. сын, кто ты таков? Кто твой отец? Как тебя зовут? Откуда ты?». Димитрий говорил: «Вы знаете, я царь ваш и великий князь Димитрий, сын царя Ивана Васильевича. Вы меня признали и венчали на царство. Если теперь ещё не верите, спросите у моей матери, — она в монастыре, спросите её, правду ли я говорю; или вынесите меня на Лобное место и дайте говорить». Тогда князь Иван Голицын крикнул во всеуслышание: «Сейчас я был у царицы Марфы; она говорит, что это не её сын: она признала его поневоле, страшась смертного убийства, а теперь отрекается от него!» Эти слова были тотчас же переданы из окна стоявшей толпе. Шуйский, между тем, ездил верхом на дворе и тут же подтверждал, что единственный сын царицы Марфы убит в Угличе, а другого сына у неё не было. Тогда Самозванца убили.
«Было б меня спрашивать, когда он был жив; а теперь, как вы убили его, уже он не мой!».
Но на это счет имеются и другие версии.
В период правления Василия Шуйского брат Марии Михаил стоял на защите Москвы от нашествия поляков и приверженцев Лжедмитрия II.
Смерть
В различных источниках указаны разные даты смерти Марии Федоровны Нагой. Но на надгробии, сохра нившемся в Кремле, существует надпись:
«Лета 7116 (1611) месяца июня в 28 преставися раба божия инока царица Маря Феодоровна всея Русии царя Ивана»